電子顯微鏡和光學顯微鏡的區別主要有以下四點：

一、光源不同

光學顯微鏡采用可見光作為光源，電子顯微鏡采用電子束作為光源。

二、成像原理不同

光學顯微鏡利用幾何光學成像原理進行成像，電子顯微鏡利用高能量電子束轟擊樣品表面，激發出樣品表面的各種物理信號，再利用不同的信號探測器接受物理信號轉換成圖像信息。

三、分辨率不同

光學顯微鏡因為光的干涉與衍射作用，分辨率只能局限于0.2-0.5um之間。電子顯微鏡因為采用電子束作為光源，其分辨率可達到1-3nm之間，因此光學顯微鏡的組織觀察屬于微米級分析，電子顯微鏡的組織觀測屬于納米級分析。

四、景深不同

一般光學顯微鏡的景深在2-3um之間，因此對樣品的表面光滑程度具有極高的要求，所以制樣過程相對比較復雜。電子顯微鏡電鏡的景深則可高達幾個毫米，因此對樣品表面的光滑程度幾何沒有任何要求，樣品制備比較簡單。有些樣品幾乎無需制樣，體式顯微鏡雖然也具有比 較大的景深。